超能力が科学によって解明された世界。
能力開発を時間割り（カリキュラム）に組み込む巨大な学園都市。
その街に住む高校生・上条当麻のもとに、純白のシスターが現れた。
彼女は禁書目録（インデックス）と名乗り、魔術師に追われていると語る。
こうして上条当麻は、科学と魔術の交差する世界へと足を踏み入れていく。