日本のとある田舎、霞高原町こと“霞の里”。
ここには、“くノ一”養成学校“志能備学園”がある。
ここにやってきた普通の少女ひまわりは、学校に入学した直後、忍術に失敗し、新任教師のハヤトに助けられる。
彼と主従の“契り”を交わし「ご主人様」と呼ぶ事になった彼女は、立派な“くノ一”になり、ご主人様をお守りしようとするのだった。