人の夢の内容を色として視ることができる能力を持った高校生、藤原夢路は夏休みのある日、「幻界（ゆめ）」の世界から「現界（うつつ）」に迷い込んだ「幻界」の住人である夢魔の少女のメリー・ナイトメアと出会い、危ないところを助けられる。
その後メリーの目的を知った夢路は、メリーの手助けをすることを決意する。
数々の夢魔との戦いやジョンから得た情報から、メリー達は敵の親玉である夢魔エルクレスがメリーを現界に降ろした黒幕だとにらみ、エルクレスの行方を探す事を決める。