2001年、国際社会に巧妙に根を下ろし、全世界を掌握せんとする悪の秘密結社ドクーガに、謎の男サバラスに率いられたグッドサンダー部隊が挑む。
その面々が乗り込む移動要塞「グッドサンダー」は謎のエネルギー「ビムラー」が動力源であり、最大1万kmの距離を瞬間移動できる。
だがドクーガも「ビムラー」を狙っていた。