高校生の八坂真尋はある日、夜道で怪物に襲われるも突如現れた謎の少女に救われる。
その少女は、自身がクトゥルー神話に登場するニャルラトホテプそのものであると語り、また自身が宇宙人であること、真尋が他の宇宙人に狙われており、自分が護衛として派遣されたことなどを告げるのだった。