霧夜先生からの命令で試験を受けるために里帰りした飛鳥は、祖父の半蔵からの修業を終えて数か月ぶりに戻ってきた「国立半蔵学院」で、太巻きを手土産にクラス委員の斑鳩、先輩の葛城、後輩の柳生と雲雀との再会を喜ぶ。
しかし、学院に帰って早々霧夜先生の厳しい修行（授業）の日々が続く中、唯一苦手としている秘伝忍法の修行で自分だけが召喚獣を召喚できないことに悩んでいた。
数日後、飛鳥は半蔵に悩みを打ち明けるが、家系の都合で召喚できる生き物は彼女が最も苦手としている蛙だった。
半蔵からこれも忍の試練だと言い渡された飛鳥は初めこそ拒絶するが、斑鳩が特訓に付き添うことで、ようやく蛙を克服する。
そんなある日、斑鳩よりも高い戦闘力を持つ焔、詠、日影、未来、春花に襲撃される。
その翌日、半蔵学院に対抗して設立された悪忍養成機関「秘立蛇女子学園」のことを霧夜先生から知らされた飛鳥たちは、学園の争いに巻き込まれていく。