かつて人間世界にフェアローレンと名乗る死神が現れ、世界に災厄を振りまいた。
しかし天界の長が遣わした07-GHOSTという7人の死神によってフェアローレンは封印され、世界は平穏を取り戻した。
時は過ぎ、物語の舞台・バルスブルク七大陸はラグス王国とバルスブルク帝国という2つの超大国によって治められていた。
ラグス王国はミカエルの瞳、バルスブルク帝国はラファエルの瞳という魔石によって守護されており、両国は不可侵条約を結び、平和を維持していた。
しかし、あるときラグス王国が教会からパンドラの箱を奪い、更にラファエルの瞳をも得ようとしてバルスブルク帝国と戦争になった。
この戦争はラグス戦争と呼ばれ、戦争の結果ラグス王国は滅亡し、王族も断絶したとされた。
ラグス戦争終結から10年後、主人公テイト・クラインはバルスブルグ帝国軍に入隊するべく士官学校で生活を送っていた。
彼は幼少期の記憶を失っていたが、ある日、自分がラグス王国最後の王の息子であることと、父を帝国軍参謀長官・アヤナミに殺されたことを思い出す。
記憶を取り戻したテイトは怒りの衝動からアヤナミに襲いかかるが、力及ばず投獄されてしまう。
その後、親友ミカゲの助力を得て士官学校を脱走したテイトは、バルスブルグ教会の司教フラウに保護され、教会に匿われる。
その後、テイトは帝国軍とアヤナミへの復讐を果たすことを誓い、教会の庇護の下で行動を起こす。
テイトは復讐の前段階として、バルスブルク帝国内で非検閲の特権を持つ司教の座を目指し、司教試験に合格してフラウ付きの司教見習いとなる。
その後、失われた記憶を取り戻すべく、聖地ゼーレを目指して各地のゴッドハウスを巡る旅に出る。