21世紀初頭、人類は自らが起こした世界大戦で大ダメージを受け、地球外へ脱出して銀河系の星々での生活を始めた。
それからまもなく人類が新たな星暦00年をもって新たな歴史を始めた直後、芸能禁止法が施行される。
その施行下ではあらゆる芸能活動が禁じられ、アイドルは絶滅したと思われた。
しかしそんな中、世界大戦中に人々に愛を送り続け歌い続けたAKB48を襲名する非合法アイドルAKB0048が誕生した。
オタクの聖地・秋葉原だけは芸能絶対防衛圏となり、唯一芸能活動を行える場所となった。
そして時に星暦0048年、この運命の年に新たなスターを目指す第77期研究生を迎えいれ物語はスタートする。