高校2年生で浮島神社の巫女・更衣小夜は、優しげな友人達に囲まれて私立三荊（さんばら）学園で平和な学生生活を送る一方、父親で神主の更衣唯芳の命により、人間を遥かに凌ぐ力を持つ〈古きもの〉と呼ばれる異形の存在を、それらを倒せる唯一の武器・御神刀で狩るという「務め」を果たしていた。