S東高等学校（アニメでは私立斉東高等学校）は、その立地と由来の故から数多くの学校に関わる精霊や幽霊（学校霊）が集うことで知られている。
その学校の中で生徒会の役員を務める北城遥都（生徒会長、教会の息子）、朝比奈睦月（副会長会計、神社の娘）、龍堂和御（副会長書記、寺の息子）の3人は「S東高聖徒会」として学校霊と生徒たちとの仲立ちを行い「霊と人間の理想郷」をこの世に顕現するために奮闘するのである。