くじら島に住む少年ゴン=フリークスは、幼少期に森で巨獣に襲われている所をハンターの青年・カイトに助けられた。
ゴンはこの時、死んだと思われていた父親・ジンが生きており、優秀なハンターとして活躍していることを知る。
ハンターという職業に憧れを抱くようになったゴンは、ハンター試験の受験を希望。
ジンを快く思っていない里親・ミトの出した条件をクリアし、ハンター試験会場へと向かうべく故郷を旅立った。
ゴンは道中、同じくハンターを志すクラピカ、レオリオと行動を共にし、試験開始直後に出会った同い年の少年キルアとも親しくなる。
この4人はしだいに信頼関係を築き、協力しながら試験合格を目指す。
最終的にゴン、クラピカ、レオリオの3人は試験に合格するが、キルアはとある事情から自ら不合格となる。
また、ゴンは試験の最中に出会った殺人狂の奇術師・ヒソカとの因縁を残すこととなった。