20世紀末、英国では不可解な吸血鬼事件が頻発し、インテグラ率いる王立国教騎士団・通称「ヘルシング機関」は、絶大な力を持つ吸血鬼でありながら吸血鬼を狩るアーカードと、新たに吸血鬼となった婦警セラスを使役し、対処にあたっていた。
しかし、暗躍する謎の敵組織により、ヘルシング本部が強襲されるなど多大な被害を受ける。
一方、プロテスタントである英国とは犬猿の仲であるヴァチカン及びその直属「イスカリオテ機関」もまたカトリック教徒が多い英国スコットランドでの吸血鬼事件に介入し、ヘルシング機関はアーカードに匹敵しうる対化物の切り札アンデルセン神父と戦闘を繰り広げる。
紆余曲折を経てヘルシング機関はイスカリオテと協力関係を持ち、事件の黒幕が南米に逃れたナチス残党による組織「ミレニアム」だと知る。