パリで暗殺代行業を営むミレイユ・ブーケは、ある日、夕叢霧香と名乗る日本の女子高生から「Make a Pilgrimage for the Past, with me」（あなた〈ミレイユ〉と私〈霧香〉の過去への巡礼）という文面に顔写真が添付された不思議なメールを受け取る。
そのメールから流れてくるオルゴールの曲を耳にしたミレイユは、驚愕する。
その奏でられるメロディこそ、かつてブーケ一家が惨殺された日、殺害現場で両親が所有する懐中時計（オートマタ機能）から流れていたメロディそのものだったのだ。