シンタロー（『南国少年パプワくん』参照）の弟コタローの「秘石眼」の暴走によってパプワ島が崩壊して4年。
「青の秘石」の呼びかけにより眠りから目覚めたコタローは、ガンマ団本部を抜け出して第二のパプワ島にたどり着くが、記憶喪失となっていた。
再び力が暴走することを恐れたパプワと、元ガンマ団特戦部隊で島の番人として残っていたリキッドは、記憶を思い出させないようにパンツに書かれていたコタローの「コ」の字にマジックで線を書き足し、コタローに自分の名前を『ロタロー』と思い込ませてしまう。
そしてロタローは島の奇妙な生物（ナマモノ）達と友達（?）になっていく。
コタローを取り戻すために現れたガンマ団の刺客達も、パプワやナマモノ達にすっかり振り回されてしまう。
その後コタローは記憶を取り戻し、入れ替わるようにシンタローが再びパプワ島に。
そして、行方不明となっている「赤の秘石」を探し出すために、「青の秘石」の力で島ごと異世界に漂流することとなる。