前作『CHAOS;HEAD』で描かれた、「ニュージェネレーションの狂気」による渋谷崩壊から1年後。
秋葉原を拠点とする小さな発明サークル「未来ガジェット研究所」のリーダーを務める大学生の岡部倫太郎は、研究所のメンバー（ラボメン）の橋田至や幼馴染でもある椎名まゆりと共に、日々ヘンテコな発明を繰り返していた。
2010年7月28日、岡部は橋田と共に向かった講義会場で天才少女の牧瀬紅莉栖と出会うが、ラジ館の8階奥では血溜まりに倒れている紅莉栖を目撃し、そのことを橋田へ携帯メールで報告する。
その直後、めまいに襲われた岡部が我に返ると、ラジ館屋上には人工衛星らしきものが墜落しており、周辺は警察によって封鎖されていた。
先ほど送信したはずのメールはなぜか1週間前の日付で受信されており、周囲が話すここ最近の出来事と岡部の記憶の間には、齟齬が起こっていた。