父のようなゾイド乗りを目指す少年バンは、盗賊に追われ逃げ込んだ遺跡の中で、カプセルから誕生したオーガノイドのジークと遭遇する。
ジークの力で辛くも危機を脱したバンは、同じくカプセルから生まれた少女フィーネと出会い、フィーネの失われた記憶を求め「ゾイドイヴ」探しの旅に出る。