幼い頃に父親の激しい家庭内暴力に晒され、離婚後に母親も家出して二人きりで生きてきた長谷川現と夢の兄妹は、互いを思う気持ちが誰よりも強かった。
そんな兄妹はある日「赤い蝶」を見てから、夢はヒトを食わずにはいられない怪物と化し、現は傷を負ってもすぐに回復する能力を得た。
事情を知る黒衣の婦人・マリアから提案を受けた現は、「羽化」と呼ばれる怪物への変化を抑制する薬を飲み、自ら妹の「生き餌」となることを決意する。
夢の「食事」だけは人目を憚るものの、その後も普段どおりに暮らしていた兄妹はある日突然、謎の集団に囚われてしまう。
夢と現は互いを探して再会するが、弱って脱出困難となった現を見捨てられない夢は怪物化して追手を一掃すると、どこかへ飛んで行った。
現を救出した「ユウ」と名乗る若者は自らが人間ではなく約30年前にマリアに捕らえられた生物の1体であり、夢もまた同様の1体であると明かす。
再会した「pupa」姿の夢は記憶を失っており現をも食い殺しかけるが、彼の呼びかけによって「兄」だけを思い出す。
夢が太古の昔から運命を共にした自分ではなく現だけを思い出したことについて、ユウは現に詰め寄る。
それまで他者への関心など持たなかったpupaが、ユウの身体を通じて初めて「嫉妬」と「羨望」という他者への感情を抱いたのだ。
そんな彼の身体がもう長く持たないことを知った現は、夢の記憶を取り戻させようと決意する。
ユウの記憶を見せられ、己がpupaであると思い出した夢は現との兄妹関係に不安を覚えるが、それでも彼女と自分は兄妹だと語りかける現の言葉によって全ての記憶と夢としての姿を取り戻した。
しかし、ユウの身体が限界を迎えるとともに自分の身体も長く持たないと悟った現は、夢と共にユウの母体となったpupaを救出すべくマリアの許へ行くことを決めるのだった。