悪さが過ぎて反省室（牢獄）送りとなったマリーランドのいたずらコンビ、クロミとバク。
ある日、ふとした事からダークパワーの結晶・黒音符を生み出す魔法道具メロディ・ボウを手にした二人はメロディ・ボウの取り扱い説明書にある「悪夢魔法を使って人間から黒音符を100個集めれば何でも願いがかなう」との記述に従い、まんまと脱獄に成功し、人間界へと向かう。
その現場にたまたま居合わせたマイメロディ（以下マイメロ）は二人を人間界に脱走させる手助けをしたと誤解されてしまう。
王様から罪を許してもらう代わりに「クロミとバクを捕まえ、ダークパワーから人間の夢を守れ」と命じられたマイメロは、その意味を良く判って無いまま、人間界に遣わされた。
人間界にやってきたマイメロはその矢先にクロミの悪夢魔法をかけられた人間の少女、夢野歌と出会う。
王様からいただいた魔法道具メロディ・タクトを使って歌を救ったマイメロは夢野家に居候する事となった。
一方、クロミも偶然関りを持った、ダークパワーをメロデイ・ボウに充填させる能力を持った青年、柊恵一と手を組み、マイメロをギャフンと言わせる願いをかなえるため、夢ヶ丘市の人間達に悪夢を見せようと活動を開始した。
こうしてマイメロと歌、クロミとバクと柊との楽しさと怖さが入り混じった奇妙な日々が始まった。