美術部員の高校1年生御厨仁は霊感が強い少年。
地区展に作品を出すため、切り倒された神木を元に手彫り製の精霊像を作っていた。
すると地面に置いていた精霊像が砕け、中から「産土神」を自称する少女、ナギが現れた。
神木が切り倒されてしまった為に仁が住む神薙町には災厄を生むとする「ケガレ」が出現する。
それを退治する為に仁とナギの共同生活が始まった。
ナギの妹ざんげちゃん、幼馴染のつぐみなどを交え、明るく楽しい日常が繰り広げられるが、ナギが「ケガレ」についての詳細を不自然な程に知らなかったり、時々記憶が途切れたり、人格が変わったりして自我が脆弱であることが判明する。
仁は未熟な自分と彼女を重ね合わせ、2人は共に自分探しを始める。