舞台は、魔法が存在する現代日本というパラレルワールド。
エリート魔術師養成学校・葵学園に通う、式森和樹は、成績・運動・魔法回数ともにイマイチの劣等生。
ある日、そんな彼の前に3人の美少女・宮間夕菜、風椿玖里子、神城凜が突如現れる。
彼女達の目的はなんと彼の遺伝子（要は体）。
実は、彼の先祖には偉大な魔術師が多数存在しており、彼との間に生まれた子供は驚異的な魔力を持つ可能性が高いと言う。
大した魔力も無い彼がこの学園に入れた理由も、この遺伝子のおかげ。
こうして、和樹の平凡な日常は一変し、波乱の学園生活が始まるのであった。