物語の舞台は17世紀初頭、江戸時代が始まって間もない頃の日本。
天下獲りをかけた関ヶ原の戦いに勝利した徳川家康が、今まさに全国支配に乗り出さんとしていた頃、信濃国の殿様真田幸村の下に仕える少年忍者・猿飛佐助が、仲間の三好清海入道や霧隠才蔵らと共に立ち上がった。
主君・幸村を護るため、その命を狙う伊賀忍者軍団の忍者達との戦いを開始した佐助達。
果たして佐助や清海入道達は、主君を、そしてその周囲の人々を護り抜けるのだろうか？