幕末に「人斬り抜刀斎」として恐れられた伝説の剣客緋村剣心。
明治維新後は「不殺」（ころさず）を誓い、流浪人として全国を旅していた。
神谷薫との出会いや、同じ激動の時代を生き抜いた宿敵達との戦いを通じて、贖罪の答えと新たな時代での生き方を模索していく。