人と神々が共に生きる世界“天和国”（アマワクニ）では、剣の姿の神、“劍神”（ハヤガミ）を所持する鞘（ショウ）と、鞘を治める統治者である秘女王（ヒメオウ）によって平和が保たれていた。
だが、30年に一度行われる秘女王交代の儀式の中、鞘の頂点に立つ十二神鞘（じゅうにシンショウ）の突然の裏切りによって秘女王は倒れる。
儀式に参加したため暗殺の濡れ衣を着せられ、逃亡することになった秘女族（ヒメぞく）の少年アラタは、行き着いた森に飲み込まれ闇の中へと消えてしまう。