アンデスに住むインディオの少年ペペロは、10歳の誕生日を迎えたその翌日に伝説の「黄金のコンドル」を目撃したことから、貧しい人々を救う宝があるという伝説の黄金郷「エルドラド」を目指して旅に出ることになる。
その旅はまた、7年前にエルドラドに向かったまま消息を絶った父カルロスの行方と、「黄金のコンドル」を見た日に出会った少女ケーナの失われた記憶を探す旅でもあった。