人類が住む地球とは別の地球の都市エドロポリス。
アニマロイドが平和に暮らすエドロポリスで、幕府の老中コーン守とカラカラ一族の頭領で手下の幻ナリ斎が、幕府を転覆しエドロポリスを自分のものにしようと目論む。
しかしそれを阻止しようと大目付ワンコー守が組織した幕府隠密ニャンキー。
はたしてニャンキーはコーン守の野望を阻止することができるのか!?