ミッション系の全寮制高校「聖チャペル学園」に通う女子高生・如月ハニーは如月博士が作ったアンドロイド。
彼女は体内に装着されている空中元素固定装置の力で女戦士キューティーハニーに変身し、空中元素固定装置を奪おうとする世界規模の犯罪組織パンサークローと戦う。