中学2年生の少女・宇佐美いちかは、海外から帰国する母親のためにショートケーキを作ろうと奮闘する。
そこに、空からペコリンという不思議な妖精に出会う。
さらに、スイーツに宿る「キラキラル」というエネルギーを狙う悪い妖精も出現し、次々とキラキラルを奪ってスイーツを黒い灰にしてしまう。
そんな中、母親への想いがつまったショートケーキが完成した直後、いちかはキュアホイップという「伝説のパティシエ」と言われるプリキュアへと覚醒する。
そして、プリキュアとなったいちかは、世界や人々を元気にする源でもあるキラキラルを悪い妖精たちから守ることを決意する。
そして、努力家で頭が良い有栖川ひまりがキュアカスタードに、自由奔放で情熱的な立神あおいがキュアジェラートに、美しく気高い琴爪ゆかりがキュアマカロンに、優しいボーイッシュな剣城あきらがキュアショコラに覚醒する。
性格や価値観等が全く異なるものの、「スイーツ好き」という共通点を持つ5人の物語が今始まる。