天才科学者・兜剣造博士は、実験中の事故で瀕死の重傷を負ったが、父・十蔵博士の手により、サイボーグとして蘇った。
その後、来たるべきミケーネ帝国との戦いにそなえ、十蔵の設計したマジンガーZをパワーアップさせたグレートマジンガーを製作。
孤児の剣鉄也と炎ジュンを引き取り、パイロットとして育成しながら戦いの日に備えていた。