ギフトジウムと呼ばれる鉱石が大地を覆う惑星ギフト。
ガーデン・インディゴの街に住む少年ソウゴ・アマギは、研究者の母を持ち、鉱石集めを趣味としていた。
ある日、赤く光る鉱石を発見したソウゴはクラスメイトの少女カオン、そして同級生のロマンとオットの騒動に巻き込まれ、街の地下へ続く大穴に転落してしまう。
一方、地下深くの地底湖ではギフト行政府軍がある作業を行っていた。
周囲を探索するソウゴとカオンは、水の抜けた地底湖で一人の少女に出会い、さらに行政府軍と謎のロボットの戦闘を目撃する。