先代クックルンであるリンゴ・セージ・クミンの3姉弟が地球の平和を守ってからしばらく後のこと。
ふくたら村にある「ふくたら小学校」に通うイチゴと弟のハッサク。
2015年の新学期1日目、イチゴのクラスに転校生のアオイがやってくる。
クールビューティなアオイに憧れを持ったイチゴは早速友達になりたいと申し込むが、アオイはイチゴのような押しの強いタイプは苦手だと遠ざけようとする。
下校中、イチゴ、アオイ、ハッサクがいるところへたまたまUFOが落下してきて、中から記憶喪失の宇宙人が出てくる。
「ミトン」とイチゴが命名したその宇宙人の持っていたアイテムの効果で、3人は「キッチン戦隊クックルン」に変身してしまい、悪の軍団「ダークイーターズ」が送り込んでくる怪人と戦うこととなる。
なおダークイーターズの今回の目的は、ミトンを連れてくることである。