幕末を迎えようとする1800年代の日本のような世界。
この荒んだ時勢に暗躍する謎の集団があった。
連発銃などの武器を装備し、鉄仮面の如き武装のもと、常人とはかけ離れた行動をとるその集団はサムライガン。
彼らは、「光の下 影のもと その悪を討て」という使命を受け、善と悪との戦いを繰り広げていく。