舞台は、本能に支配される「紅の世界」の生命体・ナイトフライオノートの襲撃と侵略に脅かされている、理性を象徴する「青の世界」。
青側で研究者の職に就いていた17歳の主人公・麻黄アキラは、その能力から最前線での戦闘指揮官に抜擢され、石垣島と西表島に跨る対位相外防衛機関、通称「琉球LAG」への着任を命じられた。
そこで出会ったのは、過去の熾烈な戦いによる第五戦闘ユニットまでの全滅を受け、4年前に結成された第六戦闘ユニット「IS」に属する教え子達。
「スカーレッドライダーゼクス」とも呼ばれるライダーの6人を率いる主人公は、共に命懸けで戦う教官として、別世界から襲い来る脅威と戦う日々の中、それぞれとの親睦を深めていく。