1945年春、第504統合戦闘航空団による人型ネウロイとのコミュニケーション実験が行われているヴェネツィア上空に、突如巨大なネウロイの巣が新たに出現し、以前のネウロイの巣は破壊されてしまい、人類は再びネウロイとの戦争を余儀なくされてしまう。
第501統合戦闘航空団解散と共に除隊して扶桑皇国に戻っていた芳佳は中学校を卒業し、診療所を継ぐことを決めていたが、そこに亡くなったはずの父親からの2通目の手紙が届く。
手紙のことで美緒を訪ねた芳佳は、欧州で緊急事態が発生したことを伝えるリネットからの無線を聞くが、一度は美緒にお前はもはや軍人ではないとして追い返されてしまう。
その後、美緒が飛行艇で欧州へ向かうことを知った芳佳はストライカーユニットを装着して美緒を説得し合流、再び欧州へ向かうのだった。