流星群、隕石、彗星の絶え間ない襲来に脅かされる近未来の地球。
沖縄県の下地島基地に配属されている国連の対天体災害対策組織『天体危機管理機構（the Cosmic Emergency Management Agency）』の彗星迎撃部隊であるメテオスイーパー（MS）機のパイロット訓練生である本庄美風は、菊原香鈴、中村彩雲、土井静羽ら仲間たちと共に迎撃機TSR-2を駆り、宇宙の脅威から地球を守る任務に就く。