冒険家を目指す少年、ハンター・スティールは祖父の日記から人類が未だ足を踏み入れたことの無い未知の地下世界「インナーワールド」の存在を知り、その世界への入口があると言われる南米風ピラミッドへ赴く。
そこで不思議な声に導かれるかのようにインナーワールドへとたどり着いたハンターは、そこで直立し人語を話す謎の昆虫軍団「インセクター」が起こす騒乱に巻き込まれる。
この世界ではインセクターが世界制覇の野望を抱き、日々その勢力を広げていたのだ。
偶然にも遺跡でロボット風の外殻に覆われたインナーワールド固有種の巨大なクモ「スパイダー」と共に戦う正義の戦士「スパイダーライダー」の証を手に入れていたハンターは、その場にいたスパイダー・シャドウと（シャドウは全くその気が無いのにも係わらず）パートナーとなり、インセクターを撃退した。
その後、その場にやってきた少女スパイダーライダー、コロナからこの世界の窮状を知ったハンターはスパイダーライダーとしてインナーワールドに平和を取り戻すため戦う事を誓う。
だがシャドウは「地上世界の人間は災いをもたらす存在だ」と語り、中々ハンターと共闘しようとはしない。