SAOがクリアされて1年後の2025年12月。
戦いの果てに明日奈を助け出した和人は、かつての仲間たちと共にALOの世界を生きていた。
そんなある日、和人はSAO事件で顔見知りとなった役人の菊岡誠二郎から、銃撃戦が繰り広げられる銃器世界「ガンゲイル・オンライン」（GGO）に出没した謎のプレイヤー、「死銃（デス・ガン）」が関わるとされる連続変死事件の調査を依頼される。
真相を究明するべくGGOへダイブした和人は、ログイン直後に知り合った少女・シノンからGGOの世界についてのレクチャーを受けつつ、「死銃」との接触を図るべく最強のガンナーを決める大会バレット・オブ・バレッツ（BoB）へとエントリーすることになる。
これまでと全く勝手の違う銃器世界での戦いに苦戦するキリトだったが、持ち前の反射神経とセンスを駆使しながら戦いを勝ち抜いていく。
やがて一連の事件の真実に迫る中、キリトはかつての忌まわしき因縁と対峙することになる。