中学生の早瀬真理は、3年前に失踪した父親・永司からもらったペンダント「アーミラリーコンパス」を大事に持っていた。
ある日親友・水城和花の家に遊びに行った真理は、和花の兄・旬の部屋にあった一冊の本をたまたま開いた所、その本に反応したアーミラリーコンパスの力で1600年のイギリス・ロンドンへとタイムスリップしてしまう。
やがて真理はこの出来事を機に様々な時代へタイムスリップし、それぞれの時代に生きていた8人の科学者たちとの出会いと別れを繰り返す中で失踪した父が自分と同じく過去の世界へタイムスリップしていたことを知り、彼が失踪した理由に迫って行く。
一方、かつて真理の父の研究に出資していた実業家・御影丞は永司の行方を捜して早瀬家の近辺を探り始めるようになり、次第に真理たちの秘密も探り始める。