八神太一達の冒険から3年後の2002年。
デジタルワールドはデジモンカイザーと名乗る少年に支配されていた。
デジモンカイザーは進化を抑えるダークタワー、デジモンを操るイービルリングを使い、デジモン達を混乱に陥れていた。
一方、お台場に引っ越した高石タケルは転校先の小学校の校庭で太一と似た少年・本宮大輔と出会う。
編入先のクラスでかつての仲間であり、太一の妹である八神ヒカリとも再会し、さらに校庭で出会った大輔とも知り合うが、なんと大輔は新たなデジヴァイス「D-3」を受け取り、新たな選ばれし子供へとなった。
一方デジタルワールドで太一がピンチに陥っていることを知り、大輔達はデジタルワールドへと向かう。
そこで大輔は勇気のデジメンタルを引っこ抜くことで、自身のパートナー・ブイモンを目覚めさせる。
さらにデジメンタルを使いブイモンをフレイドラモンへとアーマー進化させ、操られていたモノクロモンのイービルリングを破壊、解放させた。
そして大輔は太一からゴーグルを受け継ぎ、選ばれし子供として戦うことを誓う。
さらに新たな仲間である井ノ上京とホークモン、火田伊織とアルマジモン、そして再び選ばれたタケルとパタモン・ヒカリとテイルモンと共に、デジモンカイザー・一乗寺賢との戦いが始まった。