『マイクロン伝説』の戦いから10年後。
地球では新たなエネルギー・「エネルゴン」が発見された。
そんな中、ユニクロンの中からアルファQ率いるテラーコン軍団が各地に建造されたシティからエネルゴンの強奪を開始した。
グランドコンボイ率いるチームコンボイはエネルゴンを守るために地球へ向かう。
メガトロン復活を条件にアルファQ側に寝返る旧デストロン。
そして、メガトロンはガルバトロンとして復活。
アルファQを追い出し、ユニクロンに君臨。
ユニクロンに破壊された自分の惑星を復活させようとするアルファQ、ユニクロンを復活させ未来を掴もうとするガルバトロン、過去の過ちを繰り返させないためにユニクロン復活を阻止させようとするグランドコンボイ。
エネルゴンを巡って三つ巴の争奪戦が繰り広げられる。