舞台は普通と変わらない現実の世界。
しかし、その世界には迷信と信じられていた魔法が密かに存在していた。
イギリスのウェールズにある、魔法使い達の村。
その村のメルディアナ魔法学校を首席で卒業した、10歳の天才少年がいた。
少年の名はネギ･スプリングフィールド（通称「ネギ」）。
彼の目標は「立派な魔法使い（マギステル・マギ）」になって、行方不明になっている父親のナギ・スプリングフィールドを探す事である。
魔法学校を卒業した後、ネギは「立派な魔法使い（マギステル・マギ）」になる為の修行として与えられた課題が日本の学校で教師をやる事だと知る。
2003年2月、1人日本に向かったネギが辿り着いた先は巨大な学園都市「麻帆良学園」。
その内の麻帆良学園本校女子中等学校でネギは自分の正体を隠したまま教育実習生として、2年A組の代理教師を務める事となる。
2年A組で31人の女子中学生を相手にするネギだが、ほとんどの生徒には可愛がられ、時に振り回されたりするし、教師としても魔法使いとしてもまだ未熟なネギも学校で騒動を起こしてしまったりで、修行は思う様に上手く進まない。
そんな中、着任初日に2年A組の生徒である神楽坂明日菜に自分の正体がバレたのをきっかけに、ネギの正体を知る生徒が増えてきてしまう。
そして、修行に進めていく中で次々とネギの前に敵や困難が立ち塞がっていく。
敵や困難を前にしたネギは生徒に迷惑をかけたくないと1人で危険に立ち向かうとする。
一方、ネギの正体を知る生徒達はネギの助けとなろうとするが…。