今から100年ほど前、日露戦争の後日本はプレートの歪みやメタンハイドレートの採掘などが原因でその国土の多くを海中に失った結果、海上都市が増え、それらを結ぶ海上交通などの増大に依り海運大国になった。
その過程で軍艦は民間用に転用され、戦争に使わないという象徴として艦長は女性が務めた。
これが「ブルーマーメイド」の始まりであり、女子学生の憧れの職業となっていった。
また、かつての軍艦のなかにはブルーマーメイドを育てる教育用の船、教育艦として使用されるものもあった。
幼い頃、岬からブルーマーメイドの当時の旗艦・大和を見た岬明乃と彼女の幼馴染の知名もえかはお互いブルーマーメイドになろうと誓いを立てる。
その後明乃は別地に転居。
時は流れ、9年後。
神奈川県横須賀市にあるブルーマーメイドを養成する学校「横須賀女子海洋学校」に明乃は入学。
そこでもえかと再会する。
その後、入学者たちは教育艦に配属され、明乃は晴風の艦長に、もえかは武蔵の艦長に任命される。
晴風に乗艦した明乃は海洋実習に参加すべく、艦を出港させる。
だが、彼女たちを待ち受けていたのは明るく楽しい学校生活ではなく、様々な出来事に翻弄される運命であった。