謎の地球外生命体・サベージの襲撃を受け続ける人類。
対抗手段は同じく地球外よりもたらされた隕石から生み出された力・ハンドレッドだけだった。
ある事情からハンドレッドの使い手たる武芸者（スレイヤー）を育成する機関・海上学園都市リトルガーデンに入学した如月ハヤトは、ルームメイトのエミール・クロスフォードら仲間たちと協力し、人類を守るための戦いへと身を投じていく。