アパート・古来館に住む少年・伊里達遊太は同じく古来館に住む秩父ラブラと共にバスハイジャックに巻き込まれる。
そこに正義の味方・ストレンジジュースが駆け付け、台初明香の協力もあって犯人グループを撃退するが、そこへストレンジジュースに拳銃を突き付ける男が現れる。
だが、下着を目撃したことで覚醒した遊太は、男と共に水面に向かって飛び込む。
その後ストレンジジュースに救出されるも下着を目撃したことにより再び興奮し、意識を失うと共に幽体離脱してしまう。
霊体として目覚めた遊太のもとにチラ之助と名乗る猫が現れ、元の体を取り戻すには「ナンダーラガンダーラ」を見つけ出す必要があること、興奮すると人類が滅亡すること、「ナンダーラガンダーラ」を探し出してほしいことを告げられる。
その後も亀男による襲撃や、宮沢賢治の登場、NSAに所属するグリーゼの接近など、色々な出来事が起こっていく。
一方、ネット上にアップロードされた「今年の犠牲者一覧」という動画の中に記載された名前の人物が次々と殺されていくという事件が発生する。
しかも、その動画には住人の曳尾谷愛の名前まで載っており、その後殺害される。
それを目撃した遊太は過去に遡り、愛が殺害されるのを回避すべく行動に出る。
その甲斐あって愛の死亡は免れるも、今度は地球に隕石・VR1が接近する。
人類保存計画に失敗した宮沢賢治は、遊太に未来を託す。
そして、バスジャック事件の日まで遡った遊太は肉体を取り戻し、早速計画を進めていくが「歴史を変えてはならない」というチラ之助の掟に突き当たる。
それでも、調査を重ね、徐々に核心に迫っていくが、グリーゼから自身がぐり子である事を明かされ、遊太は麻酔を打たれる。
これにより遊太は計画を失敗寸前にまで追い込まれるが、古来館の住人の応戦により遊太はぐり子と決着をつける。
しかし、2人を止めようとしたみかたんは体力を使い果たす。
過去の出来事により肉体と魂が入れ替わっていた3人は、元の状態に戻ろうとするも遊太はぐり子に「生きるべき」と告げ、遊太はみかたんに身体を返す。