主人公・進藤ヒカルは、運動好きで頭を使うことが嫌いなごく普通の小学校6年生。
たまたまに祖父の家の倉を物色していた際、古い碁盤に血痕を見つけたヒカルは、その碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為（ふじわらのさい）の霊に取り憑かれる。
囲碁のルールも、佐為がかつて憑いていた棋聖・本因坊秀策の強さも知らないヒカルは、「神の一手を極める」という彼の壮大な目標に付き合わされ、彼にせがまれるままに碁を打つことになる。
以降、佐為はヒカル以外には姿も見えず会話もできず、物を動かすことすら出来ない存在であることを前提に物語は進む。