人類を襲う「異次元体」との戦いで姉・アオイ＝カズハを失った少年・アオイ＝カズヤは、異次元体対応作戦学校「ゼネティックス」へ編入する。
そこは未知の敵との戦いに備え、「パンドラ」と呼ばれる少女達がしのぎを削る学園であった。
そこで出会ったパンドラの1人・サテライザー＝エル＝ブリジットにカズハの面影を感じたカズヤはサテライザーに思わず抱きつくが、模擬戦中だった彼女はそれが原因で負けてしまう。
カズヤは罪悪感を抱きつつもサテライザーに興味を持ち、ゼネティックス内で敵の多い彼女に関わっていく。