21世紀前半に国際連合が崩壊した近未来。
国境の意味が無くなり、割れたステンドグラスのように疎らなった世界は『正統王国』『資本企業』『情報同盟』『信心組織』の四大勢力に別れ争っていた。
既存の兵器では歯が立たない超大型兵器『オブジェクト』の台頭により戦死者を出さない『クリーンな戦争』が行われている中、『正統王国』の第37起動整備大隊に派遣されたのは、手っ取り早く金儲けをするためにオブジェクトの設計士を目指す戦地派遣留学生・クウェンサー。
クウェンサーは貴族の嫡男であり、とある目的を持つヘイヴィアと共に日々を過ごしていたが、留学先でオブジェクトのパイロット『エリート』として生きる少女・ミリンダに出会う。
そしてある作戦以降、クウェンサーとヘイヴィアは各地を点々とし生身でオブジェクトと戦う羽目になる。