2006年、世界は原因不明の大量自殺・殺戮行為を引き起こす「アルジャーノン」と呼ばれる未知の奇病に冒されつつあった。
そんな中、ジオフロント型地下遊園地「ボトム・ザ・ワールド」で、開園セレモニーの準備中、謎の大量死亡事故が発生。
対アルジャーノン研究組織「モーディワープ」の都古麻御は、この事故をアルジャーノンが原因と断定する。
時を同じくして蒼斧蛍汰は閉鎖されているはずの「ボトム・ザ・ワールド」の事故現場に偶然入り込んでしまう。
彷徨う内に巨大メカ（ニューロノイド）「覚醒人1号」と遭遇。
その操縦席には、幼き頃に別れた幼馴染の彩火乃紀がパイロットとして搭乗していた。
覚醒人1号は、もう一人のパイロット・カクタスが突然行方をくらまし、立ち往生していたのだ。
そこへ暴走したアトラクション用ロボット達が襲い掛かる。
なりゆきで覚醒人1号の操縦席に乗り込んだ蛍汰は、火乃紀と共に2人1組のパイロットとなり覚醒人1号でロボット達を退ける。
蛍汰は「ボトム・ザ・ワールド」から脱出するため、火乃紀に協力し、カクタスの捜索を行うことになった。