西暦2009年2月。
地球人類と異星巨人種族「ゼントラーディ」とのファースト・コンタクトを機に第一次星間大戦が勃発。
1年余りに渡る戦いは、地球を死の星へと変貌させ、そこに住まう生命の大半を死滅に追いやった。
アイドル歌手リン・ミンメイの貢献により決戦に勝利した人類は、文化に共鳴する一部のゼントラーディ人と共に荒廃した地球環境の再生を目指した。
また、星間戦争の再発に備え、全宇宙への種の保存・拡散を目的とした「銀河播種計画」を立案。
巨大な居住艦を中心に大規模移民船団が次々と結成され、人の住める惑星を探して銀河の方々へと旅立っていった。
西暦2059年。
旗艦アイランド1を中心に大小数千隻もの宇宙船で構成された第25次新マクロス級移民船団マクロス・フロンティアは、1,000万人規模もの居住民を乗せて銀河の中心を目指す航海の中にあった。
ある日、近隣宙域を航行中の第21次新マクロス級移民船団マクロス・ギャラクシーより、トップシンガーシェリル・ノームがコンサートツアーのためフロンティアに来訪する。
美星学園航宙科の高校生早乙女アルトはステージ演出のエア・アクロバットに参加し、観客の女子高生ランカ・リーと出会う。