元・女子校で男女共学へ再移行したばかりの私立学校「天日学園」（てんびがくえん）に入学した主人公の大山タケルは、そこで「マケン」という特殊な能力を持った武器の数々を目にする。
この学園では、生徒1人1人にそれぞれに適した「マケン」のレプリカが与えられ、それによって「エレメント」という能力の扱い方を学べるのであった。
タケルも例外ではなく、自らの特性に合った「マケン」を与えられるはずであったが、身体検査時に適する「マケン」が見つからず、1ヶ月間「マケン」無しで過ごさざるを得なくなってしまう。
生徒らが己の「マケン」の特性を活かして部活動をしていたため、入る部活も決められずにいたタケルは、幼馴染の天谷 春恋の勧めで学園内の事件や事故などの解決役である「魔導検警機構」（通称「マケンキ」）へ所属することとした。
その中で、タケルは数々のトラブルに巻き込まれていく。
そんな中、留学生と称して現れた傭兵部隊「VENUS」はマケンキのメンバーと交流を深めるが、「カミガリ」の影と共に不穏の動きを見せ始める……。