異常進化し知能まで身につけた蟻・ギドロンが、改造昆虫を率いて人類に牙を向く。
発達しすぎた科学が引き起こした歪みがギドロンを生んだのだ。
ギドロンによって改造されたが脱走に成功したミクロ化人間（ミクロイド）の3人と、ギドロンの存在を知った少年・美土路学（みどろ まなぶ）は人類の未来を守るためギドロンの脅威に立ち向かう。